Действие происходит в Москве зимой 1924/25 г. Профессор Филипп Филиппович Преображенский открыл способ омоложения организма посредством пересадки людям желез внутренней секреции животных. В своей семикомнатной квартире в большом доме на Пречистенке он ведет прием пациентов. В доме проходит «уплотнение»: в квартиры прежних жильцов вселяют новых — «жилтоварищей». К Преображенскому приходит председатель домкома Швондер с требованием освободить две комнаты в его квартире. Однако профессор, позвонив по телефону одному из своих высокопоставленных пациентов, получает на свою квартиру броню, и Швондер уходит ни с чем.

Действие происходит в СССР летом 1928 г. Владимир Ипатьевич Персиков, профессор зоологии IV государственного университета и директор Московского зооинститута, совершенно неожиданно для себя делает научное открытие огромной важности: в окуляре микроскопа при случайном движении зеркала и объектива он видит необыкновенный луч — «луч жизни», как называет его впоследствии ассистент профессора приват-доцент Петр Степанович Иванов. Под воздействием этого луча обычные амебы ведут себя страннейшим образом: идет бешеное, опрокидывающее все естественнонаучные законы размножение; вновь рожденные амебы яростно набрасываются друг на друга, рвут в клочья и глотают; побеждают лучшие и сильнейшие, и эти лучшие ужасны: в два раза превышают размерами обычные экземпляры и, кроме того, отличаются какой-то особенной злобой и резвостью.

В произведении — две сюжетные линии, каждая из которых развивается самостоятельно. Действие первой разворачивается в Москве в течение нескольких майских дней (дней весеннего полнолуния) в 30-х гг. нашего века, действие же второй происходит тоже в мае, но в городе Ершалаиме (Иерусалиме) почти две тысячи лет тому назад — в самом начале новой эры. Роман построен таким образом, что главы основной сюжетной линии перемежаются главами, составляющими вторую сюжетную линию, причем эти вставные главы являются то главами из романа мастера, то рассказом очевидца событий Воланда.

В один из жарких майских дней в Москве появляется некто Воланд, выдающий себя за специалиста по черной магии, а на самом деле являющийся сатаной. Его сопровождает странная свита: хорошенькая ведьма Гелла, развязный тип Коровьев или Фагот, мрачный и зловещий Азазелло и веселый толстяк Бегемот, который по большей части предстает перед читателем в обличье черного кота невероятных размеров.

Сцена представляет театр Пале-Рояль. На стыке двух уборных, у занавеса, которым они разделены, громадных размеров клавесин. В первой уборной — множество сальных свечей. Во второй уборной на столе только фонарь с цветными стёклами и большое распятие, перед которым горит лампада. На всём печать необыкновенного волнения. Лагранж, не занятый в спектакле, сидит в уборной, погружённый в думу. Он в тёмном плаще, молод, красив и важен.

В первой уборной Бутон припал к щели в занавесе. Рожа Шарлатана торчит в дверях. Слышны взрывы смеха, затем финальный раскат хохота. Из-за занавеса показывается Мольер, загримированный Сганарелем — нос лиловый с бородавкой. Левой рукой Мольер держится за грудь. Дверь распахивается, вбегает загримированный Полишинелем дю Круази и говорит, что король аплодирует. Мольер возвращается на сцену и читает сочинённые экспромтом стихи, посвящённые ЛюдовикуXIV, в которых он называет короля Солнцем Франции. Король благодарит Мольера и остаётся посмотреть ещё одну интермедию.

Бутон опускает занавес. Мольер появляется в уборной и хватает слугу за глотку, обвиняя его в том, что «при короле свеча повалилась в люстре, воском каплет на паркет». Бутон уверяет Мольера, что он сам повалил свечу палашом, Риваль подтверждает это. Мольер остывает и дарит Бутону свой кафтан взамен разорванного. Бутон уходит снимать нагар со свечей.

Майский вечер. Зоя Денисовна Пельц, тридцатипятилетняя вдова, одевается перед зеркалом. К ней по делу приходит председатель домкома Аллилуя. Он предупреждает Зою о том, что её постановили уплотнить — у нее шесть комнат. После долгих разговоров Зоя показывает Аллилуе разрешение на открытие пошивочной мастерской и школы. Дополнительная площадь — шестнадцать саженей. Зоя дает Аллилуе взятку, и тот говорит, что, быть может, отстоит и остальные комнаты, после чего уходит. Входит Павел Федорович Обольянинов, любовник Зои. Он плохо себя чувствует, и Зоя посылает горничную Манюшку за морфием к китайцу, который часто его продает Обольянинову. Китаец Газолин и его помощник Херувим торгуют наркотиками. Манюшка велит Газолину, известному жулику, идти с ней и при Зое развести морфий в нужной пропорции — сам у себя он делает жидко. Газолин посылает с ней своего помощника, китайца-красавчика Херувима. Зоя делает Обольянинову укол, и тот оживает. Херувим объявляет цену большую, чем цена Газолина, но Павел дает ему еще и на чай и договаривается с «честным» китайцем, что он будет ежедневно приносить морфий. Зоя же, в свою очередь, нанимает его гладить в мастерской. Обрадованный Херувим уходит. Зоя рассказывает Павлу о своих планах, Манюшка, уже посвященная во все дела Зои, уходит за пивом и забывает закрыть дверь, в которую незамедлительно проникает Аметистов, кузен Зои, шулер и жулик. Он подслушивает разговор Зои и Павла о «мастерской», которой нужен администратор, и моментально догадывается, в чем дело. Прибегает Манюшка, зовет Зою. Та каменеет при виде кузена. Павел оставляет их вдвоем, и Зоя удивляется, что она сама читала, как его расстреляли в Баку, на что Аметистов уверяет её, что это ошибка. Зоя явно не хочет его принимать у себя, но кузен, которому негде жить, шантажирует её услышанным разговором. Зоя, решив, что это судьба, дает ему место администратора в своем деле, прописывает у себя и знакомит с Павлом. Тот сразу понимает, какой перед ним выдающийся человек и как он поставит дело.

Повесть о том, как близнецы погубили делопроизводителя

В то время как все люди скакали с одной службы на другую, Варфоломей Коротков, нежный, тихий блондин прочно служил в Главцентрбазспимате (сокращенно Спимат) на должности делопроизводителя и прослужил в ней целых 11 месяцев.

20 сентября 1921 года кассир Спимата накрылся своей противной ушастой шапкой, схватил портфель и уехал. Вернулся он совершенно мокрый, положил шапку на стол, а на шапку — портфель. Потом вышел из комнаты и вернулся через четверть часа с большой курицей. Курицу он положил на портфель, на курицу — свою правую руку и молвил: «Денег не будет. И не налезайте, господа, а то вы мне, товарищи, стол опрокинете». Потом он накрылся шапкой, взмахнул курицей и исчез в дверях.

Через три дня жалованье все же выдали. Коротков получил 4 больших пачки, 5 маленьких и 13 коробков «продуктов производства» Спимата, и, упаковав «жалованье» в газету, отбыл домой, причем у подъезда Спимата чуть не попал под автомобиль, в котором кто-то подъехал, но кто именно, Коротков не разглядел.

Первое, второе и третье действия происходят зимой 1918 года, четвертое действие — в начале 1919 года. Место действия — город Киев.
Действующие лица

Турбин Алексей Васильевич — полковник-артиллерист, 30 лет.
Турбин Николай — его брат, 18 лет.
Тальберг Елена Васильевна — их сестра, 24 года.
Тальберг Владимир Робертович — генштаба полковник, её муж, 38 лет.
Мышлаевский Виктор Викторович — штабс-капитан, артиллерист, 38 лет.
Шервинский Леонид Юрьевич — поручик, личный адъютант гетмана.
Студзинский Александр Брониславович — капитан, 29 лет.
Лариосик — житомирский кузен, 21 год.

А также: Гетман всея Украины, Фон Шратт — германский генерал, Фон Дуст — германский майор, Болботун — командир 1-й конной петлюровской дивизии, Галаньба — сотник-петлюровец, бывший уланский ротмистр, Максим — гимназический педель, 60 лет, офицеры, юнкера.

Действие романа происходит зимой 1918/19 г. в некоем Городе, в котором явно угадывается Киев. Город занят немецкими оккупационными войсками, у власти стоит гетман «всея Украины». Однако со дня на день в Город может войти армия Петлюры — бои идут уже в двенадцати километрах от Города. Город живет странной, неестественной жизнью: он полон приезжих из Москвы и Петербурга — банкиров, дельцов, журналистов, адвокатов, поэтов, — которые устремились туда с момента избрания гетмана, с весны 1918 г.

В столовой дома Турбиных за ужином Алексей Турбин, врач, его младший брат Николка, унтер-офицер, их сестра Елена и друзья семьи — поручик Мышлаевский, подпоручик Степанов по прозвищу Карась и поручик Шервинский, адъютант в штабе князя Белорукова, командующего всеми военными силами Украины, — взволнованно обсуждают судьбу любимого ими Города. Старший Турбин считает, что во всём виноват гетман со своей украинизацией: вплоть до самого последнего момента он не допускал формирования русской армии, а если бы это произошло вовремя — была бы сформирована отборная армия из юнкеров, студентов, гимназистов и офицеров, которых здесь тысячи, и не только отстояли бы Город, но Петлюры духу бы не было в Малороссии, мало того — пошли бы на Москву и Россию бы спасли.

Сон 1 (Северная Таврия, октябрь 1920 г.)

В келье монастырской церкви идет беседа. Только что пришли буденновцы и проверили документы. Голубков, молодой питерский интеллигент, удивляется, откуда взялись красные, когда местность в руках белых. Барабанчикова, беременная, лежащая тут же, объясняет, что генерал, которому прислали депешу о том, что красные в тылу, отложил расшифровку. На вопрос, где штаб генерала Чарноты, Барабанчикова не дает прямого ответа. Серафима Корзухина, молодая петербургская дама, которая бежит вместе с Голубковым в Крым, чтобы встретиться с мужем, предлагает вызвать акушерку, но мадам отказывается. Слышны цокот копыт и голос белого командира де Бризара. Узнав его, Барабанчикова сбрасывает тряпье и предстает в виде генерала Чарноты. Он объясняет де Бризару и вбежавшей походной жене Люське, что его друг Барабанчиков в спешке дал ему документы не свои, а беременной жены. Чарнота предлагает план побега. Тут у Серафимы начинается жар — это тиф. Голубков уводит Серафиму в двуколку. Все уезжают.

Рупрехт встретил Ренату весной 1534 г., возвращаясь после десяти лет службы ландскнехтом в Европе и Новом Свете. Он не успел засветло добраться до Кельна, где когда-то учился в университете и неподалеку от которого была его родная деревня Лозгейм, и заночевал в одиноко стоявшем среди леса старом доме. Ночью его разбудили женские крики за стеной, и он, ворвавшись в соседнюю комнату, обнаружил женщину, бившуюся в страшных корчах. Отогнав молитвой и крестом дьявола, Рупрехт выслушал пришедшую в себя даму, которая поведала ему о происшествии, ставшем для нее роковым.

Когда ей было восемь лет, стал ей являться ангел, весь как бы огненный. Он называл себя Мадиэлем, был весел и добр. Позднее он возвестил ей, что она будет святой, и заклинал вести строгую жизнь, презирать плотское. В те дни открылся у Ренаты дар чудотворения и в округе слыла она угодной Господу. Но, достигнув возраста любви, девушка захотела сочетаться с Мадиэлем телесно, однако ангел превратился в огненный столп и исчез, а на её отчаянные мольбы пообещал предстать перед ней в образе человека.